2000年之后，朱清时科学理论的思想中佛教的成分日渐增加，其著作《东方科学文化的复兴》认为“以整体论为指导的东方科学思想将成为第二次科学革命的灵魂”，他主张“复杂性科学观”，认为中医是“科学性之谜的钥匙”。

 

钱塘散人：

 

        曾经想去见见李可老先生，

 

        听听他对中医的独到经验，

 

        可惜直到他去世也未成行。

 

        曾经想去见见南怀瑾先生，

 

        听听他对儒释道三家之论，

 

        可惜没人引见找不到此人，

 

        后来听说她也驾鹤西去了。

 

        看来我应该去看看朱清时，

 

        听他谈谈科学佛学和中医，

 

        健在学者中此人思考最深，

 

        莫等他归西让我空留余恨，

 

        既然他退休定居科大校园，